И Черное, и Азовское моря на сегодняшний день имеют экологические проблемы, связанные, прежде всего, с антропогенной деятельностью. Если сравнивать эти два объекта на предмет чистоты, то Черное море более глубокое и открытое, его водная масса больше, поэтому постоянно происходит процедура обмена водных слоев. Азовское же — мелководное море, его воды обновляются гораздо медленнее. Азовскому морю характерно такое явление, как цветение лиманов, вызванное застойными явлениями.
Самой чистой областью Черного моря является западный мыс Тарханкут. Таким образом, можно сделать вывод, что Черное море более чистое, чем Азовское, благодаря более обширной площади, глубине и скорости обновления водных слоев.