О «цветении воды» говорят, если она из-за массового размножения микроскопических организмов – водорослей и цианобактерий – меняет цвет. Такое случается во всех водоёмах, и Каспий – не исключение. Для размножения этих существ особенно важна высокая температура воды (26–30° и выше). Поэтому «цветение» чаще происходит в июле–августе. Бывают годы, когда вода достаточно прогрелась раньше обычного. Тогда и начало «цветения» смещается на июнь. Иногда же оно затягивается до конца сентября.
Поскольку температура воды зависит от глубины и ветра, сроки «цветения» в разных частях Каспия неодинаковы. Играют роль и пыльные бури. Они приносят частицы с веществами, способствующими росту и развитию водорослей. Есть водоросли, которым комфортно при низкой температуре. Поэтому иногда прибрежные участки Каспия и снег на берегу «зацветают» в феврале, причём становятся красными и бурыми.